No Nordeste
Embora compartilhando os problemas e os desafios comuns a todo o país, as regiões nas quais os missionários combonianos trabalham apresentam também situações específicas. Por isso é que, para realizarem melhor a sua missão atendendo às diferenças geográficas, sociais, políticas, econômicas e culturais do imenso país-continente chamado Brasil, os combonianos dividem-se em duas províncias: Brasil Sul e Brasil Nordeste.
No Brasil Nordeste, os combonianos, que somam um pouco mais de 50 missionários de diversas nacionalidades, atuam em 13 comunidades localizadas no Maranhão, Piauí, Ceará, Paraíba, Bahia e Pará.
No mundo
Atualmente os missionários combonianos estão presentes em quatro continentes. No começo do Instituto eles estavam sobretudo na África e na Europa. A partir dos anos quarenta, abriram comunidades na América do Norte; nos anos cinqüenta estenderam a sua presença para a América do Sul. No Capítulo Geral de 1985 decidiram abrir-se para o continente asiático. No ano da canonização do fundador, em 2003, eles estavam presentes em África com 764 missionários (43%), na Europa com 534 missionários (30%); na América Latina com 403 missionários (23%); na América do Norte com 42 missionários (2,2%); e na Ásia com 32 missionários (1,8%).
Os missionários combonianos trabalham preferentemente naquelas igrejas nas quais existem áreas ou situações da chamada "primeira evangelização"; escolhem os lugares mais remotos e isolados do interior, das periferias das grandes cidades como, por exemplo, Nairobi, Kinshasa, Jartum, Lima, Cidade do México, O Cairo e São Paulo; os povos nômades ou seminômades como os karimojon na Uganda e os turkana do Kenya; as minorias étnicas e ameaçadas de extinção como os pigmeus da República Centroafricana e da República Democrática do Congo e dos índios da Amazônia, do Peru e do México. Apóiam e sustentam os movimentos populares que atuam para a recuperação da memória histórica e da dignidade da raça, como os afrodescendentes do Brasil, do Equador e dos Estados Unidos; comprometem-se com os movimentos de reivindicação dos sem-terra e dos sem-teto. Em todos os continentes favorecem o crescimento de pequenas comunidades cristãs, como instrumento eficaz de evangelização.
Os combonianos dedicam uma especial atenção à juventude e à sua formação missionária e para a cidadania através de projetos e centros de juventude; também contribuem para a sua qualificação acadêmica e profissional através da manutenção e coordenação de dezenas de escolas nas periferias das cidades e nas aldeias perdidas na floresta. Seguindo a intuição original do fundador, têm iniciado em África, na América Latina e agora também na Ásia, alguns centros de formação bíblica, catequética, teológica, profissional e social, para preparar os animadores locais para o trabalho da evangelização e da promoção humana. Colaboram deste modo para fazer que as igrejas locais se tornem cada vez mais autônomas e capazes de auto-gestão e de projeção para outras igrejas e continentes, segundo o ideal de Comboni: "Salvar África com a África".